Nasadenie MySQL v k3s s perzistentným NFS úložiskom

title: "Nasadenie MySQL v k3s s perzistentným NFS úložiskom"
slug: "k3s-deploy-mysql-nfs-helm"
technologies: ["Kubernetes (k3s)", "MySQL", "Helm", "NFS", "YAML", "n8n"]
tags: ["kubernetes", "k3s", "database", "mysql", "helm", "nfs", "storage", "persistent-storage"]
date_solved: "2025-08-17"

Projekt/Téma: Nasadenie MySQL v k3s s perzistentným NFS úložiskom

1. Cieľ / Problém na vyriešenie: Keďže v používanej inštalácii n8n chýbal vstavaný SQLite uzol, bolo potrebné nasadiť externú databázu. Cieľom bolo nasadiť funkčnú a stabilnú inštanciu MySQL do k3s klastra, ktorá bude používať perzistentné úložisko na externom NASe.
2. Použité technológie a nástroje:
   • Orchestrácia: Kubernetes (k3s)
   • Databáza: MySQL (cez Bitnami Helm chart)
   • Správca balíčkov: Helm
   • Úložisko: NFS, neskôr lokálne NVMe na uzle
   • Konfigurácia: YAML
   • Spotrebiteľ: n8n
3. Kľúčové postupy a konfiguračné kroky:
4. Pridanie repozitára bitnami do Helmu.
5. Vytvorenie konfiguračného súboru mysql-values.yaml pre Helm chart.
6. Inštalácia pomocou príkazu helm install mysql bitnami/mysql ....
7. Riešenie problémov so spustením podu na NFS úložisku.
8. Finálne rozhodnutie presunúť úložisko z NFS na lokálny disk (local-path) pre maximálny výkon.

9. Výsledné kódy a skripty:

   • Finálny mysql-values.yaml (pre NFS riešenie):

     
     auth:
     rootPassword: "..."
     database: "n8n_data"
     username: "n8n_user"
     password: "..."

   primary: persistence: enabled: true storageClass: "nfs-client" size: 10Gi

   volumePermissions: enabled: true

   configuration: |- [mysqld] innodb_flush_method = O_DIRECT innodb_use_native_aio = 0

10. Zistené problémy a riešenia (Gotchas):
    • Problém: Pod MySQL sa opakovane reštartoval s chybou data files are corrupt.
    • Riešenie: Problém bol identifikovaný ako konflikt medzi I/O operáciami databázového enginu InnoDB a podporou zamykania súborov (file locking) v protokole NFS. Riešením bolo pridanie špecifickej MySQL konfigurácie do mysql-values.yaml, ktorá upraví správanie InnoDB tak, aby bolo kompatibilné s NFS.
    • Problém: Počas hľadania riešenia sa ukázalo, že helm uninstall nezmaže PersistentVolumeClaim.
    • Riešenie: Bolo nutné manuálne zmazať PVC príkazom kubectl delete pvc ... a následne zmazať aj archivovaný adresár na NASe, aby bola zaistená čistá reinštalácia.
11. Finálny výsledok / Záver: Po vyriešení problémov s perzistentným úložiskom na NFS bola MySQL úspešne nasadená do k3s klastra. Pre zvýšenie výkonu bolo jej úložisko nakoniec presunuté na lokálny NVMe disk master uzla, čím sa dosiahla maximálna rýchlosť a stabilita.